Eski adı "Büyük Zavod"tur. Köy alanı, ilk olarak 93 Harbinden sonra Kars bölgesine yerleştirilen Malakanlar'ın köylerine yaylalık olarak tahsis edilmiştir. Tiflis-Kars arasındaki posta yolu, atlı tramvayın mola ve aktarma istasyonunun kurulmasından sonra İsviçreli iş adamlarının bölgenin Alp dağlarına olan benzerliği nedeniyle Malakanların bol miktarda ürettikleri sütü işlemek için kurdukları gravyer peyniri imalathanesi "zavotu (mandıra)" kurulmasıyla burada yerleşim başladı. Köy yerleşkesi 1880' li yıllarda kuruldu. 1917 Bolşevik Devrimi' nden sonra Ruslar' ın geri çekilmesinden sonra Malakanlar 1926' de Rusya' ya geri döndü. Kars' ın yeniden Türk egemenliğine geçmesiyle köye Tiflis'in Borçalı bölgesinde yaşayan Karapapaklar(Terekeme) yerleşmiştir. Borçalı'dan gelen Karapapaklar Borçalı bölgesinde de yaklaşık 40 yıldır İsviçrelilerden aldıkları mandıralarda ve kendi yaptıkları yerlerde gravyer peyniri ürettiklerinden Boğatepe köyü Kars bölgesinde Cumhuriyet dönemi peynirciliğin başlatılması ve geliştirilmesinde öncülük yapmıştır. Köyün adı 1936 yılında Boğatepe olarak değiştirildi.

Köyde 2005 yılında Türkiye' nin ilk peynir müzesi olan Zavot Eko Müze'si kurulmuştur.

[attachimg=1]
Peynir müzesi

Köyde Karapapak(Terekeme) Türkleri' nin gelenek ve görenekleri yaşatılmaktadır.

Kars il merkezine 40 km uzaklıktadır.