Yerleşim tarihi M.Ö. 3000-2000 yıllarına kadar uzanan Aydıntepe yeraltı kentinde yapılan kazılar, 11.09.1989 tarihinde tamamlanmıştır. Hititliler döneminde kurulduğu sanılan bu yerleşkede, bir yolun yanında sıralanmış karşılıklı mekanları birbirine bağlayan bir tünele ait kalıntılar da mevcuttur. Kemerli girişten kare planlı odalara geçilmektedir. Tonoz örtülü odalar birbirine benzemekte olup yolun ve yanlarındaki mekânların 5 km. boyunca uzandığı ve Arpalı (Niv) köyünde son bulduğu söylenmektedir. Kayalardaki kazma izleri, hava delikleri ve odalarda görülen ateş izleri günümüze kadar ulaşmıştır. Ayrıca Aydıntepe'de yeraltı kentinin yanı sıra Geç Roma ve Erken Bizans dönemlerine tarihlenen bir mezar bulunmuştur. Hem yeraltı kentinin hem de mezar kalıntısının Hıristiyanlığın ilk yayılış dönemlerinden olabileceği sanılmaktadır. Ayrıca yeraltı kentinin, burada egemen olmuş devletler tarafından zindan olarak kullanıldığı da düşünülmektedir.
Yeraltı kenti, şimdiki Aydıntepe ilçesi merkez yerleşiminin tam altında kalmaktadır.