Yapılan arkeolojik araştırma ve bulgulara göre Amasya'da ilk yerleşme M.Ö. 5500 yıllarında başlayıp Hitit, Frig, Kimmer, İskit, Lidya, Pers, Hellenistik - Pontus, Roma, Bizans, Danişmend, Selçuklu, İlhanlı ve Osmanlı dönemlerinde de kesintisiz olarak devam etmiştir.
Bu dönemlerin arkeolojik yerleşim yerlerine ait kalıntılar halen mevcuttur. Amasya merkezinde uygarlıklarından derin izler bırakan Pontuslar'ın (M.Ö.333 - M.Ö.26) Krallarının ölümünden sonra kayalara oymak suretiyle yaptıkları Kral Kaya Mezarları, bu gün bile ilimizin anıtsal eserleri arasında yer almaktadır. M.Ö. 26 - M.S.395 tarihleri arasında Roma egemenliğine geçen ilimiz ve çevresinde bu uygarlığa ait su kanalları, kaleler köprüler vb. eserlerden bazıları günümüze kadar gelebilmiştir.
700 yıl Bizans egemenliğinde kalan Amasya'yı 1071 yılında Anadolu'ya giren Alparslan'ın komutanlarından Melik Ahmet Danişment Gazi 1075 yılında fethederek burada ilk Türk Egemenliğini kurmuştur. Bundan sonra Amasya'da Selçuklu egemenliği görülmektedir. Bu dönemde yaşamış olan vali ve emirler yaptırdıkları medrese, cami, türbe gibi eserlerle kenti Anadolu'nun en büyük kültür merkezi durumuna getirmişlerdir. Selçuklular 1243'deki Kösedağ Savaşı'nda Moğollara yenilmiştir. 1246 yılında başlayan Moğol istilasında, ilk Amasya Valiliği Seyfettin Torumtay'a verilmiştir. İran'da kurulan İlhanlılar, 1265'te Anadolu'yu hakimiyetleri altına alarak, yönetime el koymuş ve kendisine bağlamışlardır. Kentimizde yaşamış bazı İlhanlı şahsiyetlerinin mumyaları halen müzemizde teşhir edilmektedir.
1341 yılından sonra Uygur Türklerinden Ertana Beyliği'nin hakimiyeti görülmektedir. 1386 yılında Şehzade Yıldırım Bayezid Amasya'yı Osmanlı topraklarına katmıştır. 1402'de Osmanlı birliğinin bozulmasına sebep olan ve Timur'un zaferi ile sonuçlanan Ankara Savaşı, Osmanlılardaki kargaşayı, Şehzadeler arasında mücadeleye dönüşmüştür. Amasya Valisi Çelebi Mehmet duruma hakim olarak ikinci defa Osmanlı birliğini sağlamıştır. Amasya; Osmanlı padişah ve şehzadelerinin gösterdikleri özel ilgi nedeniyle, "Şehzadeler Şehri " olarak ün yapmıştır. Şehzade Yıldırım Bayezid, Çelebi Mehmet, Şehzade Murat (II) (1404 yılında Amasya'da doğmuştur.), Şehzade Ahmet Çelebi, Şehzade Mehmet (II), Şehzade Alâeddin, Şehzade Bayezid (II) (oğlu Yavuz Sultan Selim Han 1470 yılında Amasya Sarayında doğmuştur.), Şehzade Ahmet, Şehzade Murat, Şehzade Mustafa, Şehzade Bayezid ve Şehzade Murad (III) çeşitli tarihlerde Amasya'da Valilik Yapmışlardır. Bu dönemde birçok âlim ve ulema yetişmiş, saray, çeşme, medrese, cami, türbe v.b. gibi kalıcı eserlerle kentimiz bir kültür merkezi olarak tarihteki yerini almıştır. Bu eserler günümüze kadar gelerek geçmişe ışık tutmaya devam etmektedir.Tarihin akışı içerisinde önemli roller üstlenen Amasya Kurtuluş Savaşı sırasında yine ön plana çıkmıştır.
